Le Conseil fédératif (CF) de la FAE est l’instance entre les réunions du Congrès. Le CF est formé des membres du Comité exécutif et des délégations des huit syndicats affiliés en proportion du nombre de membres de chacun. Cette instance se réunit environ une fois par mois pour, entre autres, faire le suivi des décisions de Congrès, déterminer différentes orientations politiques, adopter les plans d’action et le budget de la Fédération. Les votes sont pondérés en fonction du nombre de membres de chaque syndicat.
Les membres de l’Alliance qui feront partie des délégations aux instances nationales sont nommés sur la base des critères définis dans la Politique de désignation des membres. Ils devront assumer la représentation de leurs collègues de l’Alliance en fonction des critères définis dans le document Rôle et fonctionnement des délégations.