Le Congrès est l’instance suprême de la FAE formée des membres du Comité exécutif et des délégations des neuf syndicats affiliés en proportion du nombre de membres de chacun.
Le Congrès se réunit tous les trois ans pour adopter notamment les orientations politiques, les orientations du plan d’action triennal ainsi que pour l’élection des membres du Comité exécutif.
Les membres de l’Alliance qui feront partie des délégations aux instances nationales sont nommés sur la base des critères définis dans la Politique de désignation des membres.